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切口平移法

切口平移法(nick translation)是一種用於合成帶有標記的DNA探針的方法。其基本步驟如下:

使用DNase I處理雙鏈DNA:DNase I會使雙鏈DNA隨機產生單鏈斷裂,形成切口,每個切口處會產生一個5′末端和一個3′末端。

利用DNA聚合酶I的活性:

5′→3′外切酶活性:從切口的5′端逐步切除核苷酸。

5′→3′聚合酶活性:在切口的3′端-OH上依次連線dNTP,以互補的DNA單鏈為模板合成新的DNA鏈。

標記核苷酸的摻入:如果反應體系中包含標記的核苷酸(如放射性同位素標記的核苷酸),這些標記的核苷酸將替代原來的核苷酸殘基,形成帶有標記的DNA分子。

影響因素:

DNA酶I的用量:用量過多會導致切口過多,降低探針長度,且可能引起新合成的標記鏈被切開。通常標記0.5~1μg DNA樣品只需加入20~100pg的DNA酶I。

DNA模板的純度:模板中的抑制物如瓊脂糖會抑制酶活性,降低標記效率,因此應使用仔細純化後的DNA。

優點:切口平移法可以合成特定長度的DNA探針,適用於分子生物學研究和診斷套用。

缺點:

放射物質攝入率較低:長時間反應後,DNA Pol I的外切酶活性可能將已經摻入的放射性物質游離下來,降低攝入率。

對模板DNA的要求高:必須有高純度的模板DNA,且反應後必須除去未反應的放射性dNTP。

通過以上步驟和注意事項,可以有效地利用切口平移法合成帶有標記的DNA探針,用於後續的分子生物學實驗和診斷分析。