制菌是一個廣泛的概念，可以指代多種不同的過程，具體取決於所需菌種的類型和最終用途。以下是制菌過程的基本步驟：
準備器皿與消毒。首先需要準備所需的器皿，並進行徹底的消毒，以確保無菌環境，這是至關重要的一步，因為任何雜菌都可能污染培養物。
培養基製備。根據所需菌種的要求，準備合適的培養基，這通常包括將特定的營養成分混合併加入適量的水，有些培養基還需要調節pH值。之後，培養基通常需要經過高壓滅菌，以殺死其中的雜菌。
接種。將選定的菌種接種到培養基中，這一步通常需要採用無菌技術，以避免細菌的污染。
培養與觀察。將接種好的培養基放置於適宜的溫度、濕度和光照條件下進行培養，根據不同菌種的要求進行相應的調整，在此過程中，需要定期觀察培養基的生長情況。
保藏。如果需要長期保存菌種，可以採用低溫（例如-80℃）保存或進行瓶內冷凍乾燥。
此外，在制菌過程中還需要注意選擇合適的菌種、進行菌種的篩選與分離、保持無菌條件等。這些步驟確保了菌種的純度和質量，為後續的套用或研究提供了可靠的基礎。