媽祖動畫故事的主角是媽祖，一個善良勇敢的女神。媽祖生活在一個小島上，她常常幫助島上的居民解決問題，如拯救受困的人，找到失物，甚至還原破碎的物品。
一天，媽祖在海上巡視時，發現了一艘遇險的船。船上的人們面臨著食物短缺和海怪威脅的困境。媽祖立即給他們帶去了食物和安全保障，並幫助他們安全返回港口。從那以後，媽祖的名聲在小島上越來越大，許多人都希望能得到她的幫助。
另外，故事中也包含了與海神鬥智鬥勇的橋段。有一次，海神故意發動暴風雨，試圖破壞小島的秩序。但是，媽祖聰明地利用海神對於生命的敬畏，成功地制止了暴風雨，保護了小島的居民。
在小故事中，也有一些趣味性的元素。例如，媽祖還有一個好朋友——一個神奇的海洋生物，它能變化成任何樣子，甚至還能變成媽祖的坐騎。在故事中，這個海洋生物為了幫助媽祖解決問題，總是盡力而為。
整個動畫故事充滿了善良、勇敢、智慧和愛心，展示了媽祖這個神話形象在人們心中的地位。