修剪南瓜的方法因品種、生長階段和栽培方式的不同而有所差異。以下是南瓜修剪的幾種常見方法：
打頂修剪。對於小型南瓜品種，每條枝蔓上保留一個果實，同時保留2~3條枝蔓。在果實後方留4~6片葉子進行打頂修剪，去除側枝。對於早熟品種，採用單蔓整枝，即只保留一條主蔓結瓜，去除多餘的側枝。
整枝修剪。對於中晚熟品種，可以採用多蔓整枝，在主蔓5葉處進行摘心，促進側枝生長，保留3條左右的側枝。對於爬地栽培的南瓜，不進行整枝，任其自然生長，對於生長旺盛的植株，可以適當修剪側枝。
修剪側枝和枝葉。去除雄花旁邊的側蔓，剪除病葉和舊葉，以促進雌花開放和避免化瓜。在苗期進行摘心，選留長勢健壯的側蔓進行結瓜，以提高果實商品性和便於管理。
控制營養輸送。在南瓜根部下方約10厘米處，用刀割開一個小口，插入小木棍以減緩營養向上輸送，控制植株生長。
在進行修剪時，應使用清潔的工具，避免在雨後或濕潤天氣進行，以免病菌傳播。同時，保留足夠的葉面面積，以促進南瓜的光合作用和營養吸收。