厚田沙漠的成因是自然因素和人為因素共同作用的結果。具體來看：
自然因素。厚田沙漠位於贛江和錦江的交匯處，沙源主要來自這些河流的泥沙沉積，由於贛江與錦江交匯處地形平坦，河流水速減緩，導致泥沙容易沉積，隨著時間的推移，河床逐漸抬高，贛江改道，進一步促進了沙化過程。此外，該地區的氣候特點也對沙漠的形成有影響，特別是在伏旱季節，地表溫度可以非常高，加上季風的搬運作用，進一步擴大了沙化土地面積。
人為因素。該地區原本生態脆弱，由於過度墾荒、燒荒等人類活動，破壞了地表植被，導致水土流失加劇，沙化現象變得更加嚴重。