吹填船的工作原理主要涉及疏浚和吹填兩個過程。疏浚過程包括利用機械設備和裝置將水下的泥土挖出並裝上船，然後運送到指定地點。吹填過程則涉及將挖出的泥土與水混合形成泥漿，然後將泥漿輸送到指定的排泥區。
具體來說，吹填船利用高速旋轉的鉸刀來絞松河底里的土壤，將鬆動的土壤與水混合成泥漿。這些泥漿通過吸泥管被吸入泵體，並經過排泥管送至排泥區。在作業時，船尾的兩根鋼柱中，一根會插入河底作為定位樁，另一根則用於拋下橫移錨，並通過鋼纜與船頭的絞刀連線，使得絞刀能夠左右擺動，挖泥呈扇形前進。挖泥船前進時，後面的鋼柱會交替換樁，類似於行走的步伐。無論是沙石還是泥土，在絞刀的高速旋轉中都會變成泥漿，最終在高壓泵的加壓下噴向填海的位置。
吹填過程中，土料會經歷濕化崩解、沉澱排水和固結密實三個階段。在高壓沖刷設備下，土料化解為土顆粒與水混合而成的泥漿，氣體物質被排出。當泥漿運送到泥漿倉時，流速遞減至停止，懸浮的土顆粒在重力作用下沉澱，水分從土料中離析出來。隨著泥漿中水分的減少，泥漿逐漸變為軟塑狀態，土料也隨之凝聚骨架。吹填築堤是通過分層累積上升，每次吹填層的厚度都要控制在一定範圍內。