《天之痕》的故事劇情主要涉及上古神器和上古傳說。
故事開場是隋朝末年，主角陳國公李淵為了尋找上古神器「崆峒印」、「伏羲琴」和「神農鼎」而派出獨孤郡主獨孤fang和李家侍衛宇文拓（由童自榮配音）兩人一起前往「長安」。獨孤fang，戰神般的人物，風華絕代，亦正亦邪，美艷不可方物。與他相隨而行的還有兩名隨從，都是因為單純為生活奔波才投奔獨孤fang。而李淵派遣他們的目的就是要尋找三神器，希望用它來平定天下。故事的主要部分，就是在這段背景之下的不同角色的不同的經驗、不同的感情與這件事的過程和結果。
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