天然酵素的製作方法有多種，以蘋果酵素為例：
將蘋果洗淨後切成小塊，去除果核。
按照一層蘋果一層冰糖的順序放入玻璃瓶中，直至瓶身大約七分滿。
將玻璃瓶置於陰涼處，密封瓶子。
等待大約一個月後，瓶內會產生氣泡，這時酵素製作完成。
以火龍果酵素為例：
準備火龍果和檸檬，將火龍果切片，檸檬切片。
按照一層火龍果一層冰糖的順序放入容器中，最後放檸檬片。
密封容器，靜置三個月後酵素製作完成。
以柚子酵素為例：
用涼開水沖洗酵素桶，瀝乾。
剝去柚子白膜，將柚子掰碎放入酵素桶。
加入白糖和檸檬汁，攪拌均勻。
加入涼開水或純淨水，蓋上蓋子放置在溫暖處發酵。
每天早晚排氣並攪拌一次，待桶內出現豐富泡沫且無明顯酒味時即可取出。
將酵素罐裝到高溫消毒過的工具中，放入冰櫃冷藏1到2天以改善口感。
這些方法展示了不同水果酵素的製作過程，可以根據個人喜好和所需類型選擇相應的水果和步驟進行製作。