《孤島危機》故事發生在一個大氣改造後的未來地球，由於人類對大氣的污染，地球的生態系統完全改變，人類必須適應這個新的環境並在其中求生存。由於這個原因，故事的主角是一個受過嚴格訓練的戰士，他被派去執行一項任務，這個任務涉及到這個新世界的政治和環境危機。主角必須在這個充滿危險的新世界中生存下來，同時也要揭開這個新世界的秘密。他需要與其他倖存者合作，並與其他人建立聯繫，同時還要面對各種環境挑戰和敵對勢力。
遊戲的故事是圍繞著孤島危機這個主題展開的，它涉及到人類對環境的破壞和影響，以及人類在極端環境下的生存和適應。遊戲中的角色和環境設計都非常出色，為玩家提供了一個充滿挑戰和刺激的遊戲體驗。