寶可夢朱和紫的主要區別包括：
神獸不同。朱版的神獸是故勒頓，紫版的是密勒頓。這兩個神獸在遊戲中都充當交通工具的角色。
博士角色不同。朱版的是女博士，紫版的是男博士。
限定寶可夢不同。朱版和紫版都擁有各自獨佔的寶可夢，但可以通過聯機交換來獲得另一版本的寶可夢。
遊戲場景不同。兩個版本的遊戲場景在建築的顏色和主題上有所不同，朱版偏向紅色，紫版偏向紫色。
學院和NPC不同。朱版和紫版分別有不同的學院和NPC，朱版是橘子學院，紫版是葡萄學院。
道館設定順序不同。兩個版本的道館挑戰順序有所不同。
這些區別爲玩家提供了不同的遊戲體驗，可以根據個人喜好選擇適合自己的版本。