小聖杯在故事中扮演了至關重要的角色，它是聖杯戰爭的核心組成部分。
小聖杯在表面上看起來是聖杯戰爭勝利者的獎品，但實際上它有著更本質的功能。它是保管已死從者的靈魂的器具，同時也是成就第三魔法「天之杯」的必要設備。在第三次聖杯戰爭中，小聖杯在戰鬥過程中被破壞，導致儀式失敗。吸取了這一教訓，第四次聖杯戰爭中的小聖杯變成了能夠自我管理的形態，從無機物變成了愛因茲貝倫所造的人造人。第五次聖杯戰爭中的小聖杯是由愛麗絲菲爾·馮·愛因茲貝倫擔任的。
此外，小聖杯也被視為召喚大聖杯的鑰匙。隨著從者的死亡，它們回到小聖杯中，使得小聖杯更加完善。當足夠數量的從者死亡後，愛因茲貝倫家族的女性會死亡並化作聖杯，此時勝利者可以對聖杯許願。