《巨人》的結局是悲劇性的，主角艾倫·耶格爾實施了「輻射計劃」，即利用始祖巨人之力釋放牆壁中的巨人並命令他們踏平世界上除了帕拉迪島以外的所有土地和生命。艾倫的目的是為了保護他所愛的人和同胞，讓他們在一個沒有巨人威脅的世界裡自由地生活。然而，艾倫的行為極端且殘忍，導致全球80%以上的人口被消滅，僅帕拉迪島的人類得到暫時的和平。艾倫的計劃最終被三笠·阿克曼阻止，三笠是艾倫最愛的女孩，也是他最想保護的人。在故事的最後，三笠殺死了艾倫，所有被控制的巨人都恢復了原來的樣子，並且失去了變身為巨人的能力。這意味著「輻射計劃」結束了，世界上再也沒有巨人。然而，艾倫的犧牲也造成了驚人的損失和傷害，全球80%以上的人口被消滅，剩下的人類也陷入了混亂和恐懼之中。為了緩和緊張的局勢，阿明·阿爾敏等人與世界各國的代表進行了談判，希望能夠達成一個長期的和平協定。他們也向世界公開了艾倫的真實意圖，即他其實是為了讓他們成為英雄而犧牲了自己，他並不是一個惡魔，而是一個悲劇的英雄。