選擇底砂時，應考慮以下幾個因素：
砂子的類型。常見的底砂類型包括雨淋砂、陶粒砂、河沙、黑金沙和白沙。雨淋砂適合南美缸造景，易於清理；陶粒砂適合種植水草，不易粉化；河沙適合小型燈科魚缸；黑金沙適合小型魚缸，能保留魚的原生體色；白沙適合養三湖慈鯛的魚缸，既可鋪底也可用於瀑布造景，但白色底砂容易顯露魚糞。
砂子的尺寸。一般推薦使用1至2毫米大小的細砂，因爲它易於清洗，不易造成水質污染，有助於底層生物繁殖。對於較大的水族箱，可以考慮混合砂種。
砂子的功能。火山石底砂具有很強的淨水能力，多孔結構有利於培養微生物，分解糞便和殘渣，穩定水質。
選擇底砂時，還需考慮其與水草種植的兼容性，以及是否容易隱藏魚糞，便於日常清理。