《彩虹島》的任務系統包括劇情任務和活動任務兩種主要類型，劇情任務是遊戲的主線故事，通過完成這些任務，玩家可以逐步了解遊戲的世界觀和背景故事。活動任務則是定期更新的挑戰，為玩家提供額外的遊戲內容和獎勵。
劇情任務有8項，分別是尋找莫恩下落、哥特的房王室的寶物、玄武洞的巧遇、黑月公主早已冷卻的心臟、藍色妖雀詛咒的痕跡等。以第一個劇情任務為例，玩家需要達到27級，然後前往蛇龍副本。這個副本相對容易，完成後會出現兩個小孩，其中一個是莫恩。打敗左翼的小孩後，莫恩會給你莫恩的捲軸，這樣蛇龍副本就完成了。
活動任務包括清掃魔法學院和中秋迷雲等。清掃魔法學院要求玩家在規定時間內完成學院的清掃任務，並打敗魔法時鐘。中秋迷雲任務則是解開嫦娥失蹤之謎，從滿月精靈處獲得滿月粒子製成珍珠，並擊敗月宮宮主。
此外，遊戲中還設有各種獎勵和成就系統，以激勵玩家完成不同的任務和挑戰。