微生物菌落特徵主要包括以下幾個方面：
形態。不同種類的微生物形成的菌落形態各異。例如，細菌菌落一般較小，呈圓形或橢圓形，表面光滑或略帶粗糙；放線菌菌落乾燥、不透明，表面呈緊密的絲絨狀或緻密多皺；酵母菌菌落濕潤、光滑，比細菌菌落大且厚；黴菌菌落則較大，質地疏鬆，外觀乾燥，不透明，呈絨毛狀、棉絮狀等。
顏色。不同微生物的菌落顏色也有所區別。例如，金黃色葡萄球菌的菌落呈灰黑色至黑色，有光澤；黴菌菌落可能呈現棕色、青色等；酵母菌菌落通常為乳白色。
隆起程度和質地。某些菌落可能隆起，表面濕潤或乾燥，質地粘稠或較脆。
特殊特徵。某些微生物菌落可能具有特殊特徵，如莢膜菌的菌落光滑、黏稠、濕潤，有透明蛋清狀外觀；芽孢菌的菌落表面粗糙不透明，可能形成皺醭。
通過這些特徵，可以初步判斷和鑑定不同種類的微生物。