《忍者後宮》是一款策略類遊戲，攻略主要涉及發動忍術、使用角色技能、收集資源和物品、以及與敵人戰鬥等方面。以下是遊戲攻略的具體內容：
發動忍術。根據按鍵時間長短來決定使用哪層忍術，在每一層只有當能量槽達到黃色時放開能發揮忍術最大效果。例如，NARUTO可以發動色誘術、影分身、NARUTO連擊等忍術，而SASUKE則可以發動多重手裏劍、豪火球術、鳳仙火術等。
使用角色技能。按住R不放可以發動不同的捲軸技能，如雷可以轟開特殊牆壁，土可以打開秘密通道，火可以燒掉障礙物，風可以讓你跳到平時跳不到的地方，水則可以滅火。
收集資源和物品。每關在一些特殊的地方都有同伴幫助恢復或加命，每關的木之葉儘量收集完畢。
與敵人戰鬥。例如，綠色衣服的嘍羅可以用後宮術或兩次色誘術能一次解決，小動物之類可以用手裏劍，飛針可2方向發射對付烏鴉特有效，蹲下也可使用捲軸能力。
此外，每關的BOSS戰有不同的策略，例如最終BOSS大蛇丸的最快解決方法是在它使出忍術時結印，然後在其攻擊間隙使用忍術反擊。