有多種方法可以將PDF檔案合併。使用線上PDF合併工具，如小圓象PDF轉換器或CleverPDF，可以線上轉換，適合處理多個PDF檔案。專業PDF轉換軟體如迅捷PDF轉換器、優速PDF工廠、皮魯PDF轉換器等，提供批量合併PDF檔案的功能，適合經常需要處理PDF檔案的用戶。使用特定軟體，如PDFsam的開源PDF處理軟體，它支持拆分和合併PDF檔案，適用於需要更多自定義選項的用戶。在手機上，可以使用如掃描全能王等套用，這些套用通常提供PDF合併功能，適合在行動裝置上使用。
無論使用哪種方法，通常都需要先選擇或上傳想要合併的PDF檔案，然後選擇合併的設定（如合併順序、檔案名稱等），最後開始合併過程。合併完成後，通常可以將合併後的PDF檔案保存到計算機或行動裝置上。