《愛麗絲學園》的漫畫結局主要圍繞以下事件和情感發展：
萬惡之源初等部校長的倒台：這一事件標誌著學園內部權力的重組和秩序的恢復。
蜜柑與棗的關係：儘管蜜柑失去了記憶，但她最終與棗以及流架一起踏上了尋找小瑩的路。這表明他們的友情和愛情在經歷了一系列挑戰後依然堅固。
小瑩和哥哥的失蹤：為了拯救棗，小瑩和她的哥哥一起失蹤了。這一事件是故事中的一個重要轉折點，引發了蜜柑和其他角色的深入調查和尋找。
野薔薇與派魯索的關係：野薔薇最終與派魯索走到了一起，這標誌著他們之間情感的成熟和故事情節的圓滿。
蜜柑的記憶恢復：幾年後，蜜柑的記憶逐漸被找回，她的朋友們包括棗、流架、翼、鳴海老師等，都來幫助她。這一過程不僅幫助蜜柑恢復了部分記憶，也加深了他們之間的友情。
誤會解除：蜜柑和螢之間的誤會最終得到澄清，螢並沒有要出國的打算，而是要搬到實驗室去。這一發現讓蜜柑感到既尷尬又欣喜，因為她終於有機會向螢表明自己的真實心意。
通過這些事件和情感的發展，《愛麗絲學園》的漫畫結局不僅展現了角色之間的深厚情感，也為故事帶來了一個情感上的圓滿結局。