當支票存款不足時，可以採取以下措施：
與出票人協商：可以要求出票人另外支付現金或者退回支票，等待出票人賬戶中有足夠的資金後再重新開支票。
法律途徑：如果協商不成，可以向法院起訴處理。
行政處罰：根據《票據管理實施辦法》第三十一條，中國人民銀行可以對出票人處以票面金額5%但不低於1000元的罰款。同時，持票人有權要求出票人賠償支票金額2%的賠償金。
刑事責任：如果簽發空頭支票或簽發與其預留的簽章不符的支票，且以騙取財物為目的，構成票據詐欺罪的，將依法承擔刑事責任。
以上措施可以幫助處理支票存款不足的問題。