日本忍者使用的武器多種多樣，包括但不限於以下幾種：
手裏劍。這是一種投擲武器，形狀多樣，小巧便攜，可用於遠距離攻擊。手裏劍的重量一般在40克至60克之間，邊緣可能塗有劇毒，增加攻擊的致命性。
忍刀。這是一種短刀，刀身較短，通常附有一條長約三公尺的繩子，可用於近戰攻擊，繩子也可用於翻越障礙。
苦無。一種小型、三角形的飛鏢，簡單易用，適合近距離投擲。
鎖鐮。一種結合了鎖鏈和鐮刀的武器，可用於控制敵人並實施致命一擊。
飛爪。用於攀爬和抓取，也可以作為暗器使用。
吹矢。一種帶有毒性的飛針，通常藏在笛子中。
鐮。一種短柄鐮刀，可用於近戰攻擊。
手甲鈎。一種裝有長爪的手套，適合近身肉搏。
水蜘蛛。用於渡河的輔助工具，也可作為暗器。
弓箭。用於遠距離攻擊，箭頭可能塗有劇毒。
這些武器反映了忍者訓練的多樣性和他們在不同情況下的適應性。