日本的航空公司主要包括：
日本航空公司(Japan Airlines)。簡稱JAL，是日本的國家航空公司，總部位於東京，服務全球多個航點，以東京成田國際機場和東京羽田國際機場為基地。
全日空航空公司(All Nippon Airways)。簡稱ANA，是一家以優質服務著稱的航空公司，同樣是日本的國家級航空公司，總部位於東京，主要基地包括東京成田國際機場、東京羽田國際機場等。
天馬航空(Skymark Airlines)。總部設於東京，是一家廉價航空公司，經營多條日本國內航線及國際航線。
日本越洋航空(Japan Transocean Airways)。簡稱JTA，是日本的一家區域性航空公司。
琉球空中通勤(RAC)。是一家基於沖繩的航空公司，提供至次要航點的短途航班。
J-Air。是日本航空的一個子公司，專注於國內航線。
此外，日本還有春秋航空日本、捷星日本等低成本航空公司。