理本論
朱熹的哲學體系主要基於理本論，這一理論是由他的前輩“二程”提出的。朱熹的體系還吸收了周敦頤的太極說、張載的氣本論，以及佛教和道教的思想。在這個體系中，核心範疇是“理”，這也可以被稱爲“道”或“太極”。朱熹認爲理是先於自然現象和社會現象的形而上者，是事物的規律，同時也是倫理道德的基本準則。理被視爲天地萬物之理的總體，即總萬理的那個理。朱熹還提出了“太極只是一箇理字”的觀點，認爲每一個人和物都以抽象的理作爲其存在的根據。
在朱熹的體系中，氣是形而下者，具有凝聚和造作的特性，是構成萬物的質料。朱熹認爲理和氣的關係是理爲主、爲先，是第一性的，而氣爲客、爲後，屬第二性。他還探討了動靜觀，主張理依氣而生物，並從氣展開了一分爲二、動靜不息的生物運動。朱熹認爲由對立統一而使事物變化無窮，動靜是一箇無限連續的過程。
朱熹還提出了“格物致知”論，強調通過格物來獲得知識。他的哲學體系對元、明、清三朝產生了深遠的影響，成爲這三朝的官方哲學。朱熹的著作豐富，包括《四書章句集註》、《太極圖說解》等，其中《四書章句集註》被欽定爲教科書和科舉考試的標準。