根據提供的信息，寶可夢朱紫藍之圓盤御三家的位置分布如下：
草原區：小火龍、小鋸鱷、藤藤蛇、火狐狸、木木梟、淚眼蜥
海岸區：妙蛙種子、菊草葉、水月雨、呱呱泡蛙、球球海獅、敲音猴
極地區：火球鼠、火稚雞、小火焰猴、波加曼、水水獺、炎兔兒
峽谷區：傑尼龜、木守宮、草苗龜、暖暖豬、哈力栗、火斑喵
具體來說，妙蛙種子主要在海岸區的南邊，小火龍在草原區的東南邊，傑尼龜分布在峽谷區的水域，菊草葉在海岸區域。火球鼠位於極地區的洞窟內，小鋸鱷和木守宮在峽谷區的山上或草地，火稚雞和波加曼在極地區的山上或水池旁邊，水躍魚在海岸區的洞窟里，草苗龜在峽谷區域廣泛分布，小火猴和波加曼在冰原區的山上或水池旁邊。