植物蛋白酶主要包括以下幾種：
胰蛋白酶：這是一種消化酶，可以分解肥料中的蛋白質成爲氨基酸和小肽，以便植物吸收。
木瓜蛋白酶：這也是一種消化酶，廣泛運用於肥料生產中，有助於促進植物的生長髮育。
metacaspases：這是一種切割賴氨酸/精氨酸的半胱氨酸蛋白酶。
phytaspases：這是一種切割天冬氨酸的絲氨酸蛋白酶。
液泡加工酶：這是一種表現出 Caspase-1 活性的半胱氨酸蛋白酶。
20S 蛋白酶體亞基 PBA1：這是一種表現出 Caspase-3 活性的蘇氨酸蛋白酶。
此外，植物蛋白酶提取的原材料也比較寬泛，如黃豆、青豆、蠶豆、芸豆、豌豆、紅小豆、綠豆、花生、小大麥、玉米、蕎麥、麥、香茹、銀耳、木耳等。