標桿管理的缺點主要包括：
忽視創新和服務的對象。單純的標桿管理可能缺乏結合自身實際情況的創新，導致企業競爭戰略趨同。
不恰當的觀念和操作。常見的誤區包括混淆標桿管理和調查、認為預先存在共同的「標桿」、忽視服務和用戶滿意、過程太長和複雜、定位不準、未了解自己、基準對象選擇不當、企圖一蹴而就等。
可能導致企業文化和員工價值觀的忽視。標桿管理可能過於注重績效評估和管理效率，忽視企業文化和員工價值觀的重要性。
缺乏可持續發展的戰略規劃。可能導致企業過分關注短期利益和市場占有率，忽視長遠發展和社會責任。
可能產生誤判現象。例如，不同員工因工作內容、環境不同，可能導致績效評估不準確。
可能引起與目標企業全面趨同，失去本企業的特色。標桿管理中目標標準不容易確定。
可能引起與目標企業全面趨同，失去本企業的特色。標桿管理中目標標準不容易確定。
儘管存在這些缺點，但標桿管理仍然是一種有用的管理工具，只要正確使用並結合實際情況進行調整。