《模擬人生3》的故事模式和前作相比有較大的改動。在故事模式中，玩家開始時就可以自定義性別、外觀等特徵的模擬人，而不是像前作那樣只能選擇職業。遊戲提供了三種職業供玩家選擇，分別是商人、藝人、和科學家。玩家在選擇一種職業後，需要按照任務指引來進行遊戲，這無疑降低了遊戲的難度，但同時也增加了劇情的豐富度。
此外，故事模式還新增了“愛情系統”，模擬人之間的感情會根據時間變化而變化，需要花費時間來培養感情。同時，該作還新增了“約會”這一設定，玩家需要約NPC外出，並選擇合適的場所，來增進雙方的感情。
總的來說，《模擬人生3》的故事模式相較於前作更加複雜，需要玩家花費更多的時間和精力來經營人際關係、安排日程和任務。同時，故事模式也提供了許多新的元素和設定，如愛情系統、約會等，使得遊戲更加有趣和富有挑戰性。