檸檬的修剪主要包括摘心、短截、疏枝、回縮、扭梢、抹芽、鋸主枝和斷根等手法。修剪可以分爲以下幾個階段：
幼樹期。促進檸檬樹的生長，保留主要枝幹並分級留選枝幹，剪除徒長枝和枯葉病葉。
初果期。控制樹冠的通透性，剪除過長或徒長的枝葉，維持樹冠的形狀和大小。
盛果期。合理修剪結果枝，避免養分消耗，保持樹形和產量。
衰退期。修剪老化結果枝，促進新枝生長，結合施肥提高產量。
修剪方法還包括：
摘心。在生長季節摘除新枝頂端部分。
短截。剪去一年生新梢或多年生枝的部分。
疏枝。從基部剪除部分枝條。
回縮。剪除多年生枝組的先端部分。
抹芽。在夏秋季節，抹除嫩芽。
扭梢。將枝梢大幅度旋轉扭曲或向下扭曲。
鋸主枝和斷根。鋸除擾亂樹形的大枝和切斷部分大根和側根。
修剪可以在一年四季進行，但方法和目的不同。生長停滯期（主要是冬季）適合進行較大幅度的修剪，而生長期間則側重於夏季和花期的修剪，以控制枝條生長和促進果實發育。修剪後應注意消毒，避免引發病蟲害。