正反交在遺傳學中主要有兩個套用方面：
判斷遺傳方式：
細胞核遺傳與細胞質遺傳：通過觀察正反交後代的性狀表現，可以區分性狀的遺傳是細胞核遺傳還是細胞質遺傳。如果正交和反交的子代性狀表現相同，則該性狀屬於細胞核遺傳；如果子代性狀總表現出母本性狀，且不遵循孟德爾遺傳定律，則屬於細胞質遺傳。
常染色體遺傳與伴性遺傳：在確認性狀為細胞核遺傳的基礎上，進一步觀察正反交後代的性別比例和性狀表現，可以判斷基因是位於常染色體上還是性染色體（如X染色體）上。如果正交和反交的子代表現型一致且與性別無關，則基因位於常染色體上；如果子代表型不一致且與性別有關，則基因位於性染色體上。
確定基因位置：
在確認性狀為細胞核遺傳後，通過正反交可以進一步確定基因是位於常染色體上還是性染色體上。這有助於理解遺傳規律和基因的作用機制。
為了保證實驗結果的可靠性，應該選擇多對符合要求的親本進行正反交。