母公司和子公司在企業組織結構中扮演不同的角色，主要區別體現在以下幾個方面：
概念不同。母公司通常指擁有另一家公司一定比例以上的股份，或者能夠對另一家公司實施實際控制的實體；子公司則指一定比例以上的股份被另一家公司持有，或者通過協議方式受到另一家公司實際控制的公司。
獨立性不同。儘管子公司是獨立的法人，但在很多方面受到母公司的制約與管理。子公司有自己的公司章程、董事會等公司經營決策機構，並擁有獨立財產和資產負債表；母公司對子公司的重大事項擁有實際決定權，能決定子公司董事會組成，可直接行使權力任命董事會董事。
控制關係不同。母公司與子公司之間的關係主要是基於股份的佔有或控制協議而產生。在法律上，母公司對子公司的債務僅以其對子公司的出資額爲限承擔責任，子公司則以自身全部財產爲限對其經營負債承擔責任。