使用水垢去除劑的方法主要有兩種，分別是自動清洗機清洗和手工清洗。
自動清洗機清洗的操作步驟如下：
重度水垢。將水垢去除劑原液與水按1:5的比例混合，投入自動清洗機中，使用清洗流程10分鐘，再以50攝氏度以上的熱水至少清洗10分鐘。
中度水垢。將水垢去除劑原液與水按1:20至1:30的比例混合，投入自動清洗機中，使用清洗流程10分鐘，再以50攝氏度以上的熱水至少清洗10分鐘。
日常清洗。將水垢去除劑原液與水按1:300至1:400的比例混合，投入自動清洗機中，並以50攝氏度以上的熱水至少清洗10分鐘，再以50攝氏度以上的熱水漂洗。
手工清洗的操作步驟如下：
大面積不鏽鋼製品。將水垢去除劑原液直接噴灑於物體表面，作用5分鐘後，用軟毛刷清洗，並用清水沖洗乾淨。
小器械或物品除垢。將水垢去除劑原液稀釋10至20倍，浸泡20分鐘，用軟毛刷清洗後，再用清水沖洗乾淨。
在使用水垢去除劑時，需要確保清洗的對象沒有嚴重的腐蝕或泄漏問題。根據水垢的程度和設備的大小，清洗時間可能在1到6小時之間。清洗完成後，可用鈍化劑進行漂洗鈍化處理，然後用水沖洗，以完成清洗過程。