水晶的清洗方法有多種，可以根據水晶的類型和個人的偏好選擇合適的清洗方式：
流水沖洗。特別適用於石英質結構的水晶，如紫水晶、白水晶、粉水晶等，在沖洗過程中，可以想像水的流動帶走水晶的負面能量和污垢，使水晶變得更亮。
陽光淨化。將水晶放在陽光下曬乾，但需注意，某些水晶，如白水晶球，可能會集中太陽的輻射能，引起火苗，因此要避免在無人看管的情況下將水晶放在陽光下，也不要在周圍放置易燃物品。
月光淨化。將水晶放在月光下，尤其在滿月或新月的日子效果更佳。
煙燻淨化。讓焚燒乳香、檀香或鼠尾草的煙圍繞水晶，以達到淨化效果。
土壤淨化。將水晶埋在土裡一段時間，通常為一到兩個禮拜或一個月，在滿月時埋入，新月時取出。
晶洞或晶簇淨化。將水晶放在紫水晶床、石英晶簇或晶洞中。
聲音淨化。利用聲音，如誦念、擊鼓或使用西藏頌缽、碰鈴等，祛除水晶中不需要的震動。
呼吸或光淨化。簡單地將水晶暴露於光線下或你的呼吸中。
此外，還有一些其他方法，如使用流水沖洗、浸泡在水中輕輕擦拭、使用軟毛刷輕輕刷洗等。需要注意的是，某些水晶，如蠟狀光澤的水晶（孔雀石、綠松石等）和特定類別的水晶（如硃砂、方解石等），不適合用水沖洗淨化，應該使用軟布或小毛刷輕拭，或者用檀香淨化。