水母缸的原理主要涉及以下幾個方面：
模擬海洋環境：水母缸通過缸內水流的流動來模擬海洋環境。水流主要來源於增氧泵，其方向和速度由增氧泵的噴口決定。水流撞擊在缸壁上產生水流動感，增加了水母的活動空間，讓水母可以在其中自由遊動。
水流循環：水母缸底部的水經底壁中部的排水孔排出，然後流入淨化箱中。水母缸頂部的水經網板流入容納槽內，再經過淨化區進行淨化。淨化後的水流入水母缸內，形成一個閉合水循環，以此控制水溫，自動淨化水質，為水母的生長提供良好的環境。
水流動力：在水泵的動力作用下，主腔室內的水從通液管流向回液腔，然後再經回液腔的出液口流向水泵的進水端。水經過濾槽過濾後流至蓄水座內，再經蓄水座的出液槽流向主腔室。蓄水座與主腔室的水位差使得水流具有一定的速度，從而可將水母向下沖開，避免水母被進液槽吸住。水母隨著水流流動，增加了水母的活動空間。
綜上所述，水母缸的原理是通過水流的動力和循環，模擬海洋環境，提供適宜的水溫和水質，以及水流動力促進水母活動，為水母提供良好的生活環境。