選擇水草時，應考慮以下幾個方面：
種類。竹節草、蜈蚣草、高珍珠、水蓑劃、喇叭草、蘊萍、菊藻、貝古草、大葉藻、亞馬遜劍草、羽衣藻、水紫藤、半邊蓮、苦草、發藻、口普拉、須藻、南美水陸草、星蕨、紅綠莧、淡紫莧等。
適應性。根據水族箱是否使用CO2系統，選擇速生型或生長緩慢的水草。例如，皇冠草類、鐵皇冠類、榕類等適合不使用CO2系統的水族箱。
造景效果。背景水草選擇高達水面的種類，中間及兩側選擇半高的水草種類，前景選擇矮小的水草。有莖和蔓生的水草適合加強造景主題效果。
數量。避免過於稀少的水草數量，以免引發藻類蔓延。
健康狀況。選擇葉子挺拔、寬大、顏色鮮麗的水草，莖部粗壯，根部健康。避免葉數過多或葉面有黃色斑點的水草。
球根水草。對於以球根方式出售的品種，選擇結實、有重量感、出現較多新芽的球根。
去除包裝。在種植前，去除水草包裝，可能含有寄生蟲、螺類等，使用稀釋硫酸銅溶液浸泡水草進行殺蟲。
修剪根部。對於蔓生水草，修剪根部至少1/3，去除腐爛、發黃或枯萎的葉子。有莖水草只需去除腐爛、發黃或枯萎的葉子。
種植方法。有莖水草小心插入底砂中，蔓生水草則先壓入底砂再輕微撥高。