永恆之焱的二周目攻略主要包括以下幾個關鍵步驟：
到達橙華森林。在橙華森林的深處，可以發現神獸雪拉比。進入特殊場景後，會發現火箭隊的殘黨在這裡搞事情，需要立即開始戰鬥。戰鬥後，可以與雪拉比戰鬥並收復它。
前往煙囪山的山頂。在山頂找到一個小洞，裡面存在另一個神獸。
飛行到達茵郁市。茵郁市是一個生活在樹木上的城市。從城市往東走，可以看到一片湖畔，衝浪到小島，進入洞穴，可以看到一代最強神獸超夢。
前往水靜市，然後衝浪到送火神山。送火神山上有一個精靈墓地。墓地最頂層可以看到一枚特殊的石碑，調查後進入反轉世界，收復冥王龍。
進入對戰區。在對戰區的下面有一個山洞，裡面有幾隻神獸。使用精靈球捕捉它們。
進入創世神殿。在裡面可以看到創世神阿爾宙斯。與創世神的戰鬥（不可使用大師球），有較大機率收復它。
在完成這些步驟後，就可以乘坐前往三周目的船，啟程前往三周目的場景。