河豚毒素主要存在於河豚的卵巢和內臟中，如肝臟、腎臟、眼睛、血液、皮膚和鰓等部位，其中卵巢和肝臟的毒性最強。這種毒素即使在極端條件下，如高溫加熱或在鹼性條件下，也難以被分解。河豚毒素是自然界中已知的毒性最強的非蛋白類毒素之一，主要由河豚酸、河豚素、河豚肝臟毒素和河豚卵巢毒素等組成，其中河豚卵巢毒素的毒性最強，0.5毫克左右就能致人死亡。
河豚毒素是一種神經毒素，會影響神經系統的功能，導致神經痳木、噁心、嘔吐、頭疼等症狀，嚴重時可能導致呼吸和心跳停止，甚至死亡。河豚在死後，內臟中的毒素可能滲入肌肉，使得原本無毒的魚肉也含有少量毒素。因此，即使是經驗豐富的專業人士在處理河豚時也需格外小心，以避免中毒風險。普通人在沒有專業指導的情況下，切勿嘗試加工或食用河豚。