《洛克人X6》的故事發生在《洛克人X5》之後，一方面邪惡組織NETZAC開始實行他們的最終計畫，另一方面由於X擊敗了傳說中暗黑X的緣故，使得X也產生了重大的變化
具體故事如下：
1. 在新世界生活的洛克人X，在森林裡遇到了一個未知的電信號。這個電信號竟然是元祖的聲音，他告訴X一個驚人的事實，即邪惡組織NETZAC正在復活暗黑X計畫。
2. X在破壞了NETZAC的機器後，發現了一個被囚禁的未知生命體。這個生命體宣稱自己是被陷害的，並承諾將告訴X關於暗黑X的一切。
3. X在未知生命體的幫助下，逐漸揭示了NETZAC的最終計畫。這個計畫是通過暗黑X復活並控制所有的生命體，以實現一個全新的世界。
4. X在面對這個威脅時，需要做出決定：是保護人類世界，還是接受暗黑X的力量。最終，X選擇擊敗暗黑X，拯救世界。
以上就是《洛克人X6》的基本故事線索。