清淤泥的方法主要包括以下幾種：
乾式清淤。這種方法適用於小型河道，通過分段修築圍堰並排水後，使用挖掘機或人工開挖進行清淤。優點是清淤徹底，易於控制深度，污泥濃度高，運輸成本低。缺點是可能對兩岸護坡和已建工程設施造成損害，不適合雨季和不宜斷流的河道施工，可能對環境造成二次污染。
半乾式清淤。類似於乾式清淤，但不需要將河道積水完全排乾。使用高壓水槍沖刷淤泥，再用泥漿泵抽吸。適用於穿過橋梁和其他障礙物，減少對河道兩側居民的干擾。缺點是設備耗電量大，人工費用高，也不適合雨季和不宜斷流的河道施工。
濕式清淤。在帶水環境下使用挖泥機械進行清淤，如兩棲反鏟式清淤機，適用於大規模、深水層的清理。
機械清淤。使用挖掘機、吸泥車等設備直接挖出淤泥，效率高，適合大規模、深水層清理。
生物清淤。利用微生物降解淤泥中的有機物質，環保但見效慢。
水力沖刷。利用高壓水流衝擊淤泥，使之鬆動後排出，對環境影響小，但可能對河床結構造成一定破壞。
真空吸泥。通過真空泵將淤泥吸入管道排出，適用於狹窄或淺水區域。
人工挖掘。對於小型或特殊區域，人工清淤是最後的選擇，雖然費時費力，但清理得更細緻。
直吸式清淤。使用伸到淤泥層內的吸頭產生負壓吸走淤泥，適用於城鎮河道。
集成清淤方法。結合多種清淤方式，考慮環保和成本因素。