溏心蛋的存放時間比全熟的雞蛋更短，因為溏心蛋內部可能存在未被完全殺死的微生物，這些微生物在存放過程中會迅速繁殖，導致雞蛋變質。在10攝氏度左右的溫度下，溏心蛋可以保存的時間大約是2到3天。在25攝氏度的常溫下，溏心蛋的保存時間可能縮短至一天左右。如果存放溫度更高，比如30攝氏度以上，溏心蛋可能在半天內就變質。為了安全起見，最好將溏心蛋放入冰櫃冷藏保存，但即使如此，其保存時間也不應超過5天。如果無法在短時間內食用，建議將雞蛋完全煮熟後再存放。
此外，全熟的雞蛋在10攝氏度左右可以保存2到3天，而在25攝氏度下只能保存一天左右。在夏季室內高溫環境下，全熟雞蛋的保存時間可能更短。