漆黑魅影三周目的攻略包括以下幾個重要部分：
家中事件與橙華森林探索。三周目開始時，玩家回到自己的家，但樓下並沒有特別的劇情。玩家應直接前往橙華森林中部，那裡會出現一個新的入口。
稀有妖怪的捕捉。在橙華森林中部，玩家有機會捕捉到Lv.30的雪拉比。
世界狹縫之旅。從夢之實驗室進入世界狹縫，最後面對挑戰是小智，他的隊伍由Lv.100的寶可夢組成。
火箭隊再遭遇。玩家再次與火箭隊交鋒，他們的隊伍也是由六隻Lv.100的寶可夢組成。
夢世界之行。進入夢世界後，前往夢源鎮最南部的房子休息。
再次稀有妖怪捕捉。有機會捕捉到Lv.50的克雷賽利亞。
紅蓮之窟探險。繼續前行進入紅蓮之窟，並向上探索，直到發現新的洞口。在這裡，玩家將有機會捕捉到Lv.30的維庫提尼。
此外，三周目中還會遇到各種訓練師和迷宮挑戰，包括對戰塔、對戰宮殿、對戰金字塔等，每個挑戰都有其特定的條件和建議。建議玩家根據自身實力和寶可夢的等級、類型進行選擇，以順利通過挑戰。