自來也在《火影忍者》中的死亡是由曉組織的首領長門發現的。在自來也即將查明曉組織具體情況時，長門操控佩恩六道對自來也屢下殺手，自來也在不瞭解佩恩忍術特點的情況下節節敗退。最後，自來也身負重傷，留下用生命查明的情報後就永遠沉在了海底。