補繳稅款的原因主要包括以下幾點：
預繳稅款時扣除項目不當。如果在預繳稅款時扣除了不該扣除的項目，或者扣除金額超過規定標準，在年度合併計稅時，因調減扣除額導致應納稅所得額增加，從而產生補稅義務。
收入來源多樣。如果納稅人的收入來源不僅限於工資薪金，還包括勞務報酬、稿酬、特許權使用費等，各項收入加總後，可能導致適用的綜合所得稅稅率高於預扣率，需要補繳稅款。
年度預繳稅額低於應納稅額。如果納稅人在年度中預繳的稅款少於應繳稅款，那麼在年終彙算清繳時就需要補繳稅款。
工作單位變更。如果納稅人在年度中間更換了工作單位，比如上半年在一箇公司上班，下半年在另一箇公司上班，會重新計算適用稅率，導致需要補稅。
稅務計算錯誤。因納稅人、扣繳義務人計算錯誤等失誤，未繳或者少繳稅款的，稅務機關在三年內可以追徵。
稅法變更。如果稅法在一年內有所變更，且這些變更影響到了納稅人的稅務情況，那麼納稅人可能需要根據新的稅法規定補繳稅款。
收入增加。如果納稅人的收入在過去一年中有所增加，比如獲得了獎金、加班費或者其他額外收入，那麼可能需要補繳稅款。
以上這些情況都可能導致納稅人需要在年度彙算時補繳稅款。