瑞特染色法的原理主要基於細胞的不同成分與染料之間的化學和物理相互作用。該染色法使用的染料是由酸性染料伊紅和鹼性染料亞甲藍組成的複合染料，其中伊紅通常以鈉鹽形式存在，而亞甲藍則是四甲基硫堇染料，容易氧化形成天青。
在染色過程中，細胞的酸性物質如血紅蛋白、嗜酸性顆粒等與伊紅結合，形成粉紅色；細胞的酸性物質如細胞核蛋白、淋巴細胞胞質和嗜鹼性顆粒等與亞甲藍或天青結合，形成藍紫色或紫紅色；而中性顆粒等電狀態的物質與伊紅和亞甲藍均可結合，形成淡紫紅色。
此外，染色還涉及到甲醇的使用，甲醇作為瑞氏染料的溶劑，能夠使染料中的美藍和伊紅在溶液中離解，從而促進細胞成分選擇性地吸附有色物質而著色。甲醇的脫水力還能固定細胞形態，增加細胞結構的表面積，提高對染料的吸收作用。
因此，瑞特染色法通過利用不同染料對細胞不同成分的親和力和化學反應，以及甲醇的輔助作用，實現了對細胞結構和成分的精確染色，有助於識別和區分不同類型的細胞及其內部結構。