甲醛熏蒸方法主要用於消毒和滅菌，其操作步驟如下：
計算房間體積，根據房間體積計算所需的甲醛和高錳酸鉀的用量。通常，每立方米空間使用10毫升40%的甲醛溶液和5克高錳酸鉀。
準備容器，一般使用陶瓷或玻璃容器，因為高錳酸鉀和甲醛具有腐蝕性，混合後反應劇烈，可能釋放熱量。
配置溶液，先將溫水倒入容器中，然後加入高錳酸鉀並攪拌均勻；再加入甲醛，加入甲醛後應立即離開房間並密閉房間。
消毒流程，先關閉新鮮空氣調節閥和每個房間的門窗；將甲醛倒入裝有高錳酸鉀的容器中，加熱至甲醛全部蒸發完；關閉新風，打開迴風，啟動空調器，讓甲醛氣體循環約30分鐘；停止空調器，讓房間熏蒸消毒12至24小時；關閉迴風，打開新風和排風，開啟空調或風機，將溫度設定在24°C，排風2小時以上，直至潔淨區內無甲醛味。
通風換氣，消毒結束後，打開門窗進行通風換氣。
記錄，填寫《潔淨區空氣滅菌操作記錄》，內容包括滅菌房間名稱、體積、空氣滅菌劑用量、熏蒸消毒時間、空氣置換時間、操作人、滅菌日期等。