在《口袋妖怪白2》的二周目中，玩家將經歷一系列新的劇情和挑戰。以下是相關介紹：
紅豆杉博士的父親會到玩家家中，幫助升級圖鑑至全國圖鑑。隨後，玩家出門時會遇到勁敵和他的妹妹，勁敵的妹妹會夢到一隻索羅亞克在冠軍之路等待玩家。
玩家需要前往飛雲市，通過天箭之橋到達矢車森林。在這裡，玩家會遇到切林，並與之一同調查等離子團的蹤跡。在矢車森林深處，玩家將遇到七賢人之一的阿斯拉，他曾涉及搶走七寶市博物館龍骨的事件，但已經改過自新。
在矢車森林外圍的試煉之岩，玩家的格鬥系PM可以獲得星之砂，這個機會每天都有一次。穿過矢車森林，玩家將到達七寶市，並進入博物館。在博物館中，蘆薈會讓玩家從羽毛化石和龜殼化石中選擇一個。之後，副館長會帶玩家參觀博物館。如果玩家之前與黑白版聯動，可以在圖書館觸發與蘆薈、亞堤、亞坤三人的回憶劇情。
在三曜市，玩家可以與天桐、伯特、寇恩三人對話，觸發與暗之三位一體交戰的回憶劇情。在這裡，玩家還可以進行雙打對戰，每天一次。在三曜市向右的地方，玩家會遇到拉迪歐斯（黑2版本）或拉帝亞斯（白2版本），並與之發生戰鬥。
在唐草鎮，玩家會遇到一個NPC，告訴玩家關於2年前鹿子鎮出生的前作主角與等離子團的故事。
以上是二周目的一些主要劇情和地點，當然還包括其他支線任務和隱藏元素等待玩家去探索。