百家姓的起源可以追溯到人類原始社會的母系氏族制度時期。
在母系社會中，姓氏是區分氏族的特定標誌符號，通常來源於部落的名稱或部落首領的名字。最早的姓氏往往與圖騰有關，且許多都帶有女字旁，這是因爲當時社會以母係爲主。隨着時間的推移，隨着社會從母系氏族制度過渡到父系氏族制度，再到階級社會制度，姓氏的含義和用途也發生了變化。在夏、商時期，貴族已有姓氏，姓的分支爲氏，意味着家或族。到了周代，成爲中國姓氏發展的重要時期。姓氏不僅來源於圖騰、祖先的名字、國名或地名、官職或職務，還與統治階級的賜姓有關。
此外，周代以後，一些姓氏逐漸成爲主導姓氏，如姬、姜、姒、嬴等。這些姓氏的後代通過分裂、合併等過程，形成了今天中國衆多不同的姓氏。其中，《百家姓》彙集了許多常見的姓氏，成爲後世廣泛流傳的一部分。