百香果易受多種病害影響，其中包括病毒病、疫病、炭疽病、莖基腐病、猝倒病、花葉病、根腐病、薊馬、蚜蟲、蟎類等。這些病害分別會導致不同的症狀，例如疫病會影響葉片、果實、花、莖蔓和根莖部，造成植株枯死；莖基腐病會導致根部及根頸部腐爛，進而影響整個植株。
防治這些病害的方法包括注重土壤管理，如增施有機肥和菌肥，改良土壤環境；適時修剪，保持果園通風透光；在大雨過後及時排除積水，防止果園積水；加固棚架，減少風害引起的莖部損傷；在高溫多雨季節，定期使用相應藥劑進行預防和治療，如敵克松、咯菌腈、甲霜·霜脲氰等。
此外，及時清除病葉、病枝、病果，並銷毀它們以防止病害蔓延也是重要的防治措施。對於一些病害，如莖基腐病和根腐病，可以通過選擇抗病性強的苗木進行種植來預防。