矽脂主要用於CPU和散熱器之間，以確保良好的熱傳導。使用方法具體如下：
清潔。首先清潔CPU表面，去除灰塵和舊矽脂。
塗抹矽脂。使用塑膠片或手指套（避免直接用手）將矽脂均勻塗抹在CPU正面，注意不要過多。對於大多數CPU和散熱器，矽脂的厚度應約為一張紙的厚度。可採用均勻塗抹法、中心塗抹法或點式/螺旋塗抹法，保證矽脂均勻覆蓋且不溢出。
安裝散熱器。輕輕放置散熱器，確保矽脂均勻分布，避免在散熱器上旋轉或移動，防止矽脂不均勻分布。
此外，定期清理並重新塗抹矽脂可以保持系統長期穩定運行，因為矽脂會隨時間「乾化」或「硬化」。要注意，矽脂的散熱效果並不比金屬好，其作用是填充CPU和散熱器表面的縫隙。使用過多或不均勻的矽脂都會影響散熱效果。