碘甲烷具有一定的毒性，主要通過呼吸道、皮膚等途徑進入人體，對人體的神經系統、呼吸道、皮膚等造成一定的損傷。其在臨床上的表現如下：
神經系統。碘甲烷中毒主要以神經系統為最主要的靶器官，常有一定的潛伏期，潛伏期為數小時至數天，甚至2至3周才出現全腦症狀，在臨床治療中發現潛伏期內常無任何明顯症狀，有些患者僅有輕度的頭疼、頭暈，嚴重時可能會出現抽搐、癱瘓、昏迷等情況。
呼吸道。碘甲烷還會對呼吸道造成影響，可能會導致呼吸道受到損傷，誘發咽痛、嗆咳等刺激症狀，嚴重者可發生支氣管肺炎、肺水腫。
皮膚。皮膚接觸液體或蒸氣後，局部可能會潮紅、水腫、丘疹、水皰形成，自覺燒灼、痳木感。
此外，碘甲烷還可能引起噁心、嘔吐等症狀。在農業生產上作為殺真菌劑、殺植物寄生線蟲劑、殺土壤病原體劑、播前殺蟲劑和除草劑。由於其具有一定的毒性，在日常生活中應避免接觸，並採取適當的預防措施。