孵化種蛋的過程主要包括以下幾個步驟：
消毒。種蛋可以用高錳酸鉀溶液浸泡1到3分鐘進行消毒，具體方法是，用一個乾淨的盆加半盆水，水溫調至30到39度，放入3到4個高錳酸鉀顆粒，浸泡1到3分鐘後取出並瀝乾。
靜置。收到蛋後靜放6個小時，保證蛋的大頭（氣室）朝上，讓氣室和胎位歸位，靜置環境溫度最好保持在25度左右。
溫度控制。孵化前17天，溫度應保持在38.5度。從第8到14天，溫度降至38度，15天以後調整至37.5度。孵化期間應適當涼蛋。
翻蛋。在1到3天不需要翻蛋，4到18天每天翻蛋2到3次，早中晚各一次，18天後停止翻蛋。
噴水。從第18天開始噴水，每天2到3次，整體噴2到3下，注意不要噴太多。
照蛋。入孵後最早第5天照蛋，如果看到紅血絲則表示蛋已受精。儘量少照蛋，以免強烈燈光和溫度劇烈變化影響蛋的發育。
增加濕度。如果種蛋啄殼，需要增加孵化器的濕度。自動機通過控制水槽的水量來調節濕度，而水床可以使用水瓶裝水放在水床里來增加濕度。
觀察出殼。一般在啄殼後3天內出殼。如果2天後還未出殼，可以幫忙開氣孔，增加濕度以軟化蛋殼。小鳥出殼後2到3個小時內不要急著餵食，等它腹部可見的卵黃吸收好後再餵食。
這個過程需要耐心和細緻的操作，以確保種蛋能夠成功孵化。