肉蔻的使用方法主要取決於想要達到的效果。以下是詳細介紹：
如果用於烹飪，如在滷水中使用，可以將其輕輕拍碎後放入滷水中煮開，以提升食物的風味。肉蔻還常用於製作粥類，如肉蔻粳米粥或肉豆蔻山藥粥。
如果用於醫藥，可以與其他中草藥配伍使用。例如，與乾薑、黨參、白朮和肉桂等草藥配合使用後煎湯內服，用於治療脾胃虛寒的症狀。肉蔻還可以製成丸劑或散劑，如四神丸或肉豆蔻散，用於特定病症的治療。
此外，肉蔻具有治療便秘、消化不良的功效，因為它含有揮髮油和已酸桂皮酯，有助於腸液分泌和促進腸蠕動。但需注意，肉蔻油含有痲醉性能，不宜過量使用。